Man betritt die Kirche durch den Haupteingang, um ins Hauptschiff zu kommen. Dieser Teil des Gebäudes wurde im 16. Jahrhundert neben einer älteren romanischen Konstruktion erbaut. Die Decke ist neu, sie wurde in Anleh-nung an die Decke der Sakristei aus dem 16. Jahrhundert wiederhergestellt.
Die zwei Seitentore sind interessant, sie sind durch gestreckte Säulchen begrenzt. Die auf der Südseite ist durch ein sehr schönes Eisengitter aus dem Jahr 1912 geschützt. Sie besaß ursprünglich einen bemerkenswerten Türklopfer, den man heute im Museum Westerkamp besichtigen kann. Man weiß nur wenig über das frühere Hauptschiff. Es wird behauptet, es habe aus drei Tonnen bestanden, dies wird aber nicht bestätigt, von den drei heute sichtbaren Bögen ist nur der mittlere romanisch. Erst im 16. Jahrhundert, nach einigen zusätzlichen Baumaßen, präsentierte sich das Gebäude wie heute.
Die Kapelle rechts hat zwei Spitzjochbögen, die sich zum Mittelschiff hin in zwei gebrochenen Bögen öffnen. Sie stammt aus dem 15. bis 16. Jahrhundert. Vielleicht handelt es sich hier um die Dreifaltigkeits-Kapelle, die 1513 gebaut wurde, die man aber eher auf der Nordseite vermutete und die in der Revolution von 1789 zerstört wurde. An der Wand der Kapelle befindet sich ein Medaillon mit dem Reformator Martin BUTZER.
Im Norden ist im 16. Jahrhundert ein Seitenschiff errichtet worden, wie dies das Datum 1513 anzeigt, das über dem Portal angebracht ist. Die beiden Jochbögen sind mit Netzbögen reich verziert, die im Kontrast stehen zu der allgemeinen Nüchternheit des Gebäudes. Die Bögen tragen an ihrem Schlussstein das Wappen der Schilling, einer reichen Familie aus Krakau, die aus Weißenburg stammte und die der Gemeinde das nördliche Seitenschiff schenkte. Dieser Teil des Gebäudes wurde im Zweiten Weltkrieg stark zerstört und gewissenhaft rekonstruiert.
Man erkennt auch typisch spätgotische Fenster mit "Fischblasen"-Motiven im oberen Bereich. Vor die Seitenwand wurde die Büste von Martin LUTHER angebracht, ein Denkmal, das von den protestantischen Bürgern von Weißenburg 1817 zur Erinnerung an 300 Jahre Reformation errichtet wurde.
Beim Chor befindet sich die Kanzel im Renaissance-Stil, die auch stark beschädigt wurde und ebenso wie der Sockel wiederhergestellt wurde.
Hinter der Kanzel erscheint auf der Turmwand eine kleine Wandmalerei aus dem 14. Jahrhundert, die aber leider ziemlich schlecht zu sehen ist und die 1960 renoviert wurde: Sie zeigt eine Frau im weißen Kleid mit einem roten Mantel, die die Hände zum Gebet erhebt.
Der Turm ist der älteste Teil des Gebäudes. Er stammt aus dem 13. Jahrhundert und erinnert an seine ältere Schwester von der Abtei St. Peter und Paul.
Über dem Triumphbogen befindet sich ein Türsturz, der aus einem früheren romanischen Gebäude stammt und geschmückt ist mit einem Lamm Gottes. Dies ist wohl das älteste Stück der Kirche, es könnte aus dem 8. Jahrhundert stammen.
Der Chorraum wurde mit Sicherheit kurz nach dem Turm erbaut. Er weist keinen einheitlichen Stil auf. Nach dem Architekt Steiner, der die Restaurierung im Jahr 1912 überwachte, war der romanische Chor zunächst umschlossen von einer halbrunden Apsis. Man kann feststel-len, dass die Spitzbögen des vorderen Chorraums auf romanischen Kapitellen aufliegen. Einer von ihnen stellt einen Kopf dar.
Der Chor bewahrt in seinem gotischen Teil die Reste eines Tabernakels, das wohl während der Revolution von 1789 abgeschlagen wurde. Im Hintergrund der Nische kann man eine Silhouette erraten, die vielleicht den auferstandenen Christus darstellen könnte. Der Chor öffnet sich zu zwei Seitenkapellen. Die erste ist eine Apsis mit fünf Feldern und wurde sicher später angebaut. Man findet dort auf dem Boden den Rest eines Kapitells mit stili-sierten Akanthusblättern, das bei den Restaurierungsarbeiten im Jahr 1958 unter den Platten des Hauptschiffs entdeckt wurde. Es könnte aus der früheren vorromanischen Kirche stammen.
Die zweite Seitenkapelle scheint zeit-gleich mit dem Chor entstanden zu sein. Sie ist mit schönen Blattkapitellen ver-ziert, die ihre Entsprechungen in den Sei-tenschiffen der Abtei St. Peter und Paul finden. Eine Öffnung, die wohl früher nach draußen führte, enthält das einzige Stück eines alten Kirchenfensters. Es ist wohl vom Beginn des 14. Jahrhunderts. Alle anderen Fenster der Kirche stammen aus dem Jahr 1985. Unter dem Bogen zum Mittelschiff findet sich das Taufbecken mit einer Wanne, die aus einem früheren Ge-bäude stammen könnte. Die Kapelle ist nach dem Heiligen Stanislas benannt, was auf die Reliquien des Heiligen zurückgeht, die von der Familie Schilling hinterlegt wurden. Diese Reliquien wurden sicher während der Reformation entfernt.
Nach einem Schriftstück aus dem Jahr 1725 soll König Stanislas während seines Aufenthalts in Weißenburg einen neuen Altar gestiftet haben, der seinem Heiligen gewidmet war.
Auf der anderen Seite des Chors öffnet sich eine Tür zur Sakristei mit einer getäfelten Decke und Wänden, die teilweise von Wandma-lereien bedeckt sind. Das Erdgeschoss hat wohl immer als Sakristei gedient, die erste Etage lässt aber eher an eine Kapelle denken, weil man dort Weihekreuze findet.
Die Wandmalereien
Sie stammen wohl aus dem 14. Jahrhundert und sind 1990 restauriert worden.
Im Erdgeschoss, unter der Decke der Sakristei befindet sich ein gemauerter Sockel, der vielleicht ursprünglich einen steinernen Altar trug, der sich im ersten Stock befand. Auf dem Sockel ist der gekreuzigte Christus dargestellt, der von vier En-geln umgeben ist, die das Blut auffangen, das aus seinen Wunden fließt.
Im ersten Stock befinden sich über der Treppe zwei Fresken, die den heiligen Erasmus darstellen, dem Erzbischof von Formia, der 303 den Märtyrertod starb. Rechts steht er, segnend mit einem Buch in der Hand. Er befindet sich unter einem gotischen Baldachin. Zu seinen Füßen erkennt man rechts eine kniende Frau und ein liegendes Kind und links eine kleine kauernde Figur.
Links erlebt der Erzbischof eine grauenhafte Folter: er liegt mit seiner Mitra auf dem Boden, während zwei Folterer seine Gedärme auf einer Winde aufrollen.
Auf der Wand rechts davon findet sich eine große rechteckige Tafel, die sechs Felder mit sitzenden Figuren zeigt. In dem ersten Feld unter der Decke segnet (oder krönt) Christus Maria, die auf einem Thron sitzt und von vier Engeln umgeben ist. In dem zweiten Feld ist die Jungfrau im Mittelpunkt mit Christus, der die Weltkugel in seinen Händen hält. Links sind drei Engel, die die Erzengel sein könnten, rechts sieht man die vier Evangelisten mit Flügeln (Matthäus mit dem Adlerkopf, Johannes mit dem Engelskopf, Markus mit dem Löwenkopf und Lukas mit dem Stierkopf). Dann kommt eine Reihe von dreizehn Personen, Heilige oder Apostel. Das folgende Feld besteht aus zehn Heiligen, die die Palme der Märtyrer tragen. Im vorletzten Feld sehen wir im Mittelpunkt eine Kreuzigung und drei Personen auf jeder Seite. Im letzten Feld errät man zehn Silhouetten und Reste von Inschriften.
Wenden wir uns nun den letzten beiden Wandmalereien zu: Die Heilige Katharina und die Jungfrau mit dem Einhorn. Nach der Legende ist das Einhorn Symbol von Kraft und Energie. Im Mittelalter glaubte man fest an seine Existenz. In der Spätgotik erscheint er oft in Szenen der Verkündigung. Hier legt das Einhorn seinen Kopf auf die Knie der Jungfrau.
An den Mauern befinden sich Weihekreuze. Man kann auch ein sehr altes Schloss an der Tür finden, die in den früheren Archivraum führte, der während der Bombardierung 1945 zerstört wurde.
Wenn man die Sakristei verlässt, wendet man sich wieder dem Mittelschiff zu.
Die grosse Orgel im Hintergrund der Kirche wurde von 2014 bis 2015 von dem Orgelbauer Dominique Thomas gebaut und ersetzte die früheren Instrumente von Ernest Mühleisen (1961) und Andreas Silbermann (1720, das während des Zweiten Weltkriegs zerstört wurde).
Nach dem Verlassen kann man nach rechts abbiegen und auf die Wallanlagen steigen, um die Gesamtanlage der Kirche St. Johann zu bewundern mit einem Dach, das im Vergleich zum Rest des Gebäudes fast überdimensioniert ist. Der Dachstuhl aus massiver Eiche ist beeindruckend.